印尼海關在國際航空運輸出口東盟國家時，往往對原產地證有以下疑問：
原產地成分：印度尼西亞海關經常質疑企業出口的國產成分比例，要求檢疫部門檢查原產地標準是否符合證書提供的內容，有時會否認在印度尼西亞海關注冊的簽證官的簽名筆跡。
申報價值：具體質疑內容包括商品申報價值、商品信息名稱、規格、型號描述等信息與原產地證書內容不同。此外，印度尼西亞和中國對原產地規則的理解也有很大差異。印度尼西亞海關認為，每個產品的型號、制造商的名稱和其他國家的原產地證書很少有這樣的要求。因此，在國際航空運輸出口印度尼西亞時，必須詳細填寫原產地證書和提單的貨物描述，而不是使用garment等一般術語，以免退貨。
運輸規則：雙方可能同意禁止運輸，國際航空運輸時可能在航線上停留香港和新加坡，但出口人員如果不提供未再加工證明書，印度尼西亞海關可能會扣押貨物或返回出發地。出口貿易時，我們可以根據客戶的要求向貿易促進會申請發行一般原產地證明CO或中國東盟原產地證明FormE，降低扣除風險。