貨運代理不同于普通貨物運輸。普通貨物運輸通常只需要安全地將貨物運輸到目的地。然而，貨運代理涉及跨境業務，需要包裝、聯系海運、保險等。業務煩瑣，各個環節都需要付費，所以貨運代理的成本相對較高。
一般費用一般包括：
委托方應向貨運代理人支付貨物運輸、保管、保險、報關、簽證、發票等費用，并向貨運代理人支付因貨物運輸代理人無法控制而無法履行的其他費用。貨物消失或損壞屬于保險人承包范圍內，貨運代理人賠償后，從貨物所有者那里取得代位索賠權，從其他負責人那里得到補償或償還。貨運代理人賠償貨物后，貨物所有權由貨運代理人所有。
一般海運相關貨運費包括：
1.海運費一般用美元，但也要看具體情況。比如客戶在中國有辦事處或者分公司，辦事處或者分公司按照人民幣結算；
2.集裝箱拖車費用；
3.碼頭費/THC(一般東南亞。中東。印度半島碼頭費)；ORC:碼頭費(一般歐洲)。中南美洲。非洲碼頭費)華南地區碼頭費是這樣區分的；
4.訂艙費；
5.報關費；
6.文件費用；
7.出具商檢憑證；
8.緊急燃料附加費EBS；
9.集裝箱不平衡附加CIC；
10.安全費用；
11.提單電放；
12.設備管理費；
13.海運保險費。
貨代空運費用。
1.航空運輸費(航空公司收取)
2.Fuelsurcharge燃料附加費(根據機場，目的點價格不同，香港目前一般在4元左右，以前是3.6元，去年最高是4.8元，這個價格由機場調整，一般去亞洲是2元)
3.安全費用(香港收取1元/公斤固定費用)
4.機場營運費用(香港是HKD283/機票，機場運送飛機等)
5.終端費用：1.72/kg交貨給莊家時，莊家負責打板等，最終由機場收取）。
6.航空單據費用:HKD15/bl為提單費用-物權證明書。
就是說，貨款費用范圍廣，費用項目多，各國標準不同。支付貨款時，托運人提前支付所有費用，貨物到達后支付，但需要支付一定的押金。對托運人來說，先支付押金，貨物到達后支付最后一筆款項的方式比較保險。