外貿代理出口報關、退稅的具體流程有：
1.外貿出口企業必須開立基本戶、待核戶、美元戶銀行賬戶。
2.對外貿易出口企業必須向外匯局辦理企業名冊注冊。(有關外匯管理局網站查詢的事項)
3.出口報關單大約在報關單出站后四十五天左右取得，到電子口岸申報提交，并下載報關單信息。
4.取得報關預錄單資料后，最好重新開立購貨專用增值稅發票，因為所取得的增值稅專用發票必須與報關單上的信息相一致，并通過抵扣聯認證系統。
5.如有銀行收入申報單(上有申報流水號)收齊貨款并結匯，有增值稅專用發票。票認證并通過，有自制出口發票。發票，有可下載的出口發票信息，有已入帳的出口收入記賬憑證和已結轉成本的記賬憑證，就可以到出口退稅管理軟件進行預申報錄入(導入出口發票信息并進行錄入操作)，并將預申報信息做成U盤文件交給國家稅務總局出口退稅科。
6.事先申報通過后，返回反饋信息處理，如果沒有問題，轉為正式申報，提交報告書，制作正式申報的u盤文件，向國家稅務局退稅科正式申報。申請成功后，可在二至三個月內領取出口退稅。部分轉成本未退稅。
退稅應注意的事項有：必須單證全清，必須收齊貨款(特殊情況下需有特別規定，如信用證等)，購貨取得的增值稅專用發票上的品名、規格、數量、單位均須與報關單上的信息一致，如單位不一致，還需在報關單上注明；增值稅進項稅專用發票必須與報關單上的信息一致，否則無法退稅。